这一时期，袁特别强调总统制的有利于国家；逢人便诉苦，苦于总理制和议会权力太大。袁口头上常这么说：“现制总统、总长、都督为三级制，共有三总，实在太滞隔了。”中华民国驻比公使汪荣宝向袁辞行时，曾沉重地向袁进言，要求袁勿行总统制，而行内阁制，他的话说得很委婉，他说：“总统制最大的缺点是事事要总统首当其冲，今日办事十九难如人意，倘总统当国，则一切怨尤都集于总统一身，九十九样事办好了，有一样不好，亦会被人咒骂，不如仍行总理制有个回旋余地。”袁微笑着说：“不然，过去一年的情形恰恰和你说的相反，我们不是一直行的内阁制吗？可是只听到讨袁之声，并听不到讨唐（绍仪）讨陆（徵祥）讨段（祺瑞）讨熊（希龄）。”袁的这番话可说是强辞夺理，讨袁不是因为总统制或内阁制问题，是因为他主使暗杀宋教仁。以此作为藉口，实在是非常不通的。
走上独裁之路也要做点手脚，因此在3年1月26日颁布了约法会议的组织条例，3月18日组成约法会议，以孙毓筠为议长，施愚为副议长。袁亲临主持开幕，并致颂词。约法会议是政治会议的化身，其性质仍是咨询机关，总统得派员出席会议，并发表意见，但不得参加表决。约法会议的决议，经总统同意，得公布成为正式法律。
民国3年3月20日，袁向约法会议提出增修约法案，他在这个提案中，把“建设民国”
分为两个时期，前一期为增修约法时期，后一期为制定宪法时期。袁的私心是既要撕毁《临时约法》，又不愿产生一部宪法，而想由自己创造的新约法作为代替。袁所提出的七个增修大纲，有：（一）总统得宣战媾和，与外国缔结条约，无庸经参议院之同意；（二）总统得制定官制官规，任用国务员及驻外使节，无庸经参议院之同意；（三）实行总统制；（四）宪法由国会以外之国民会议制定；（五）关于公民权之褫夺与恢复，总统得自由行之；（六）总统有紧急命令之权；（七）总统有紧急处分财产之权。
约法会议将此案列入议事日程，先付审查，由议长指任马良、那彦图、严复、王揖唐、王邵廉、邓镕、王丕熙、傅增湘、许世英、李湛阳、陈瀛洲、关冕钧、庄蕴宽、赵惟熙、曾彝进等15位议员为审查员，审查通过。接着，袁又咨请将优待清室条件增入约法。议长复指定：宝熙、那彦图、阿旺根、敦江曲达、结噶拉增、夏寿田、刘心源、贾耕、严天骏、王世澂、王祖同、王树棚、梁士诒、秋桐豫、邵章等15位议员为审查员。
决议将前两案併案起草。
新约法于民国3年4月29日开三读会，当然通过，咨复袁总统公布。这个新约法内容共有10章28条，把《临时约法》中总统权力扩大，如：“大总统为民国之元首，总揽统治权”，“大总统为行政首长，置国务卿一人贊襄之。大总统得颁给爵位、勋章。”这些规定不仅取消了国务院和内阁总理，同时把代替内阁的国务卿成为附属品。
新约法还规定立法机关採取一院制，除立法院外，另设“参政院”为总统咨询机关。
立法院组织法和议员选举法均由约法会议制定。立法院未成立前，由参政院代行其职权。
关于宪法问题，参政院成立后，推举参政10人组织宪法起草委员会，完成宪法起草工作，经参政院审定，由总统提交国民会议议决后公布。参政院和国民会议组织法均由约法会议制定，参政院参政由总统直接任命，国民会议由总统召集及解散之。
在讨论新约法过程中，满场都是唯唯诺诺，只有一个议员提出反对，他是张其锽。
张是广西桂林人，字子武，进士出身，清末曾在湖南任南武军统领，和谭延腼私交甚笃。
他反对总统有颁给爵位之权，因为这样的总统太像皇帝了。他的意见才一提出，就受到全场的嘘声，他乃拂袖而去，不提辞职和请假，就跑回南方。这一来，吓得他的保举人李经羲上呈自请处分，袁在呈文上批了“追赶回京，交部议处”八个字。
新约法颁布后，国务院正式撤销，代替国务总理的是国务卿，国务卿只是总统属下的一个办事人员，这和内阁总理的地位大为悬殊了。国务卿一词是从美国官制中搬来的，并且是日本人翻译的官职，本来就似通非通，可是，袁对这个“卿”字很感兴趣，因为卿和皇帝接近，正好移花接木。
民国3年5月1日，约法公布的当天，袁下令撤销国务院，在总统府内设立政事堂，派徐世昌为国务卿，以孙宝琦为外交总长、朱启钤为内务总长、周自齐为财政总长、段祺瑞为陆军总长、刘冠雄为海军总长、章宗祥为司法总长、梁敦彦为交通总长、汤化龙为教育总长、张謇为农商总长。这张名单的主要部门仍是熊内阁的人马，只留了两个冷衙门位置给进步党。徐世昌被呼为相国，政事堂设左右丞各一人，以杨士琦为左丞，以徐的旧僚属钱能训为右函。派张一廏为政事堂机要局局长。又设陆军大元帅统率办事处，派荫昌、王士珍、萨镇冰为办事员。总统府秘书更名为内史，秘书长梁士诒去职，改任税务处督办，由副秘书长阮忠枢升任内史长，曾彝进及王式通为内史副长。
这样改革，把内阁总理变成了总统的“承启处”。
梁士诒离开了总统府，但他进一步抓住了全国税务，所以他还是一个有实力的人。
最难过的有两个人，一个是政治会议议长李经羲，他到北京来，就是为了要作国务总理，想不到如今落了空；一个是以新朝宰相自居的杨度，他满以为自己是袁袖中的新人物，不料袁却选了旧古董，把徐阁老从遗老博物院请出来，使他一场春梦惊醒了。原来他在总统府中，袁指定纯一斋为他下榻处，以便秉烛夜谈，自徐拜相后，杨就绝足不入公府，以折柳章台自遣。
其实，袁的总统制不待约法颁布便早已施行，在民国2年前，总统府官制，除秘书厅外，有护卫提调处、军事处、外务处、财政处、总稽核处。民国3年起，改为秘书、承宣、军事、交际、顾问五厅和侍卫处。各厅职官有所谓“监”、“少监”、“丞”、“郎”、“舍人”、“参议”种种。有的属于名誉职，顾问月薪自800元至数千元，咨议则三五百元。
在总统府挂名的，有清朝旧官僚，有民国卸任的官吏，有奔走南北的时髦政客。袁以网罗人才为名，以为可使天下英雄入彀。这些“人才”越积越多，袁自己也记不起有多少。当时北京报纸上对此曾极尽讽刺之能事，议会亦有：“请将府中官制提交议会审查”一案。
约法会议以：“春秋着大一统之文，孟子垂定于一之训”作为施行总统制的论据，这也只是矫言强辩罢了。
北洋军阀史话
六十一、徐世昌出山复古
徐世昌和袁是真正的老朋友，他们订交于布衣时代，走上宦途以后，彼此互相援引，袁成立北洋军后，为了避免清廷的注意，曾拨一部分北洋军给徐带到关外，那时徐任东三省总督。慈禧去世，袁被勒令回籍“养疴”时，徐等于是袁在北京的灵魂。辛亥革命后，清廷再度起用袁便是徐奔走彰德与北京之间所策动的。所以袁、徐两人的私交，确是比其他人深得多。不过徐自辛亥革命后，便以“遗老”自居，“耻食周粟”，他避居青岛，不问政治。民国2年12月13日北京举行光绪帝后“奉安”大典时，他曾悄悄地来过北京一趟，他宣称来京目的是为了参加奉安典礼，顺带祝贺老朋友就任民国大总统。袁就任大总统后，曾颁给徐“勛一位”，他拒不接受，仍回青岛。