其实，日军失利的真正原因就在这个作战计划上。首先是联合舰队司令长官山本五十六，由于山本曾担任过“赤城”号航母舰长、海军航空本部技术部长、第1航空战队司令、海军航空本部部长，又策划指挥了偷袭珍珠港，所以很多人都认为山本是比较早认识到航母和舰载机在现代海战中的作用的航空派，但实际上山本的骨子里还是巨舰大炮派，这就注定了在战役部署上对于航母的轻视，“瑞鹤”号和“翔鹤”号两艘航母，因为在珊瑚海海战中受伤和补充飞行员而在本土休整，最多一个月就能恢复战力，但山本并没有等这两艘航母归队再发动中途岛作战，这也说明了山本对航母还是不够重视。在中途岛海战中他还是将战列舰作为主力，航母不过是作为开路先锋，先用航母去袭击中途岛，既可以削弱美军实力，又能够作为诱饵将美军舰队引出来，自己再亲自率领由战列舰为核心的主力舰队与之进行传统的海上决战，正是基于这样的考虑，才会将战列舰舰队远远地布置在最后面，以保障决战主力的安全。在南云航母舰队向中途岛开进途中，山本的联合舰队监听到在中途岛附近海域出现了美军航母的无线电信号，如此重要的情报，山本居然出于保障战列舰舰队绝对安全必须实行无线电静默的考虑，没有通知南云，直接导致南云还以为附近根本没有美军舰队，最终在发现美军舰队后手足无措应对失当。
负责制订作战计划的联合舰队先任参谋黑岛龟人大佐为了显摆自己的能耐，将整个计划搞得无比复杂繁琐，明明实力远远超过美军，却还要大费周折搞声东击西的花招，先要去佯攻阿留申群岛，在中途岛的主攻方向，也是分为三路，一路是登陆舰队，另一路是南云的航母舰队，最后一路就是山本亲自指挥的战列舰舰队，而且三支舰队之间都有段距离，特别是南云航母舰队和山本战列舰舰队距离足有300海里，也就是要至少航行十小时，一旦出现状况，根本无法相互支援。
当时日军实力几乎是美军的三倍，如果不是这样复杂的计划自己分散了兵力，全部舰艇都集中在中途岛方向，根本不需要什么声东击西调虎离山的花样，就是最简单的全军出击，以泰山压顶之势直扑中途岛，美军就是破译了密码，知道日军来袭的方向和时间，面对悬殊的实力对比，也很难有翻盘的机会。日军只要凭借数量上的绝对优势，堂堂正正强攻硬打，如果美军航母舰队避战就直取中途岛，如果美军航母迎战，那就来个一锅烩。所以，日军在中途岛海战中的失败，根子就在这个计划上，越是复杂精巧的计划，只要一个环节出问题，那就越容易全盘皆输。当日军这个计划出台之时，就已经埋下了失败的伏笔。
日本海航并没有元气大伤
中途岛一战日军第1航空舰队4艘航母全被美军击沉，所以很多人都觉得日本海军航空兵就此元气大伤，但其实并不是这么回事。日军总共损失舰载机322架，其中空战损失只有39架，其余283架都随航母沉没而损失的，而飞行员损失只有110人，其中在空战中损失81人，航母沉没时损失29人。但4艘航母上的编制飞行员再加上准备作为中途岛岸基航空兵的飞行员，总共约有700人，伤亡110人只占参战飞行员总数的15%，远远谈不上伤亡惨重。和美军相比，美军此战损失的飞行员有208人，几乎是日军的两倍。
不过日军采取的是精兵路线，飞行学员就是百里挑一精选出来，飞行学员完成飞行训练的过程中淘汰率更是达到了50%，这样精挑细选再经过高淘汰率严格培训出来的飞行员，绝对都是精英，所以战争初期日军飞行员的素质普遍要超过美军、英军，战斗机飞行员就不用说了，加上零式的出色性能，300架零式就已经能够横扫东南亚，打得盟军飞行员都有了“零式恐惧症”，看到零式就望风而逃。日军鱼雷机飞行员也都是高手，在击沉英军“威尔士亲王”号战列舰的战斗中，发射15枚鱼雷，命中7枚，命中率高达46.7％，这样高的命中率简直是不可想象的。水平轰炸机飞行员同样在击沉英军“威尔士亲王”号战列舰的战斗中表现不俗，3000米高度水平投弹命中率达到7.7%，在当时都是非常罕见的高水准了。
如此精锐的飞行员在中途岛海战的损失还远没有到让日本海军无法承受的地步，虽然损失了4艘航母，但是此时还有“瑞鹤”号、“翔鹤”号、“龙骧”号、“祥凤”号、“瑞凤”号和“隼鹰”号等六艘航母，而美军在太平洋只有“企业”号、“大黄蜂”号和“黄蜂”号三艘航母（“萨拉托加”号因伤还在本土修理），优势依然在日军一边。只有从1942年8月到1943年1月的瓜达尔卡纳尔岛争夺战中，战前日军培养的精锐飞行员才逐渐损失殆尽，从1943年下半年开始，日军熟练飞行员数量开始短缺，只好用缩短飞行学员训练时间的办法来加快飞行员的补充，但这种饮鸩止渴式的方法带来的恶果就是训练不足的菜鸟飞行员在战斗中损失速度很快，只好再缩短后续飞行学员的训练，最终导致了越缩短训练时间，新手飞行员损失越快，新飞行员损失越快，就要更进一步缩短训练的恶性循环。而美军后续经过充足训练的新飞行员源源不断投入战场，此消彼长之间，日本海军航空兵流干了最后的鲜血，最后沦落到只能用经过十几小时飞行训练的飞行员驾驶飞机进行自杀攻击了。
由此可见，把中途岛海战的结局提高到决定战争进程的高度，显然还是有些夸大了。