曹贵人因告发华妃罪行有功，被晋封为襄嫔。
端妃告知甄嬛后宫如政局，不可凭一己之力改变；另外还需特别防范襄嫔，也就是从前的曹贵人。
秀女大选的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀；皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。
新进宫的祺贵人之父与甄嬛父亲同在都察院为官，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与华妃狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆。
甄嬛发现自己宫外屡屡受到华妃宫中内监肃喜的窥探，于是设计一举捣毁华妃势力。
却不想，肃喜此人是曹贵人派来陷害华妃的，被甄嬛抓住之后，又交由皇后审理，弘辉便派人接触肃喜，肃喜得知自己家人没事，当即反水，供出来曹贵人，皇上知道华妃做的坏事大多都是曹贵人在背后出主意，自然处置了曹贵人，又心里对华妃愧疚，将曹贵人女儿温宜交由华妃抚养，又升了华妃位分，为华嫔，经此一遭，华嫔心里恨极了甄嬛。
甄嬛见华嫔如今依旧受宠，心里很是不平，便将欢宜香一事告知华嫔，却不想华嫔是真心爱皇上，竟和皇上当面对峙，皇上一时间愧疚又气恼，得知是甄嬛告知华嫔，也气恼甄嬛。
皇上禁足了华嫔和甄嬛，不许任何人出入，也不许人探望，还命人抱走了温宜，暂且交由端妃，华嫔得知温宜被抱给了端妃，自是不愿，带着自己忠心的几个侍卫，强行闯入端妃宫里，打伤端妃，带走了温宜，而皇上因为内心的愧疚，始终不曾罚华嫔，华嫔又恢复了往日的待遇，只是华嫔对皇上死了心，只一心抚养温宜，停用了欢宜香。
华嫔也是真心喜爱温宜，尤其是温宜记在自己名下以后，皇上见华嫔如此，自然也是乐意的。
宫里倒是恢复了往日的平静，但好景不长，碎玉轩的莞嫔此时有了身孕，皇上再气愤也愿意放出莞嫔，莞嫔却始终觉得有人害她和她的孩子，遂禀告皇上，要让皇后亲自照顾自己这一胎，皇上自然是不同意的，一国之母亲自照顾一个妃嫔，这是把皇家的颜面放在地上践踏。
甄嬛只得小心翼翼的照顾自己这一胎，祺贵人嫉妒甄嬛，祺贵人父亲在朝中也被甄嬛父亲压了一头，自然是不愿甄嬛好好生产的，要自己父亲在前朝弹劾甄嬛父亲，自己在后宫针对甄嬛。
大臣瓜尔佳鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。
可祺贵人不愿甄嬛好过，暗地里派人告知甄嬛甄家的事，甄嬛一急之下动了胎气。
甄嬛带孕求见皇帝，皇帝态度冷淡；甄嬛此刻真正知道原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。
甄嬛痛苦中早产下一女，取名胧月，皇帝获知兴奋不已。甄嬛内心对皇帝绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。
果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
皇后携敬妃等一干嫔妃赴甘露寺进香，甄嬛躲在立柱后不愿相见。甄嬛看到浣碧时过于激动被祺嫔发现。祺嫔故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出声而暴露；甄嬛被迫以狼狈落魄之相出来见皇后等人，祺嫔告诉寺中主持不必善待甄嬛。
敬妃抚养胧月尽心，却因无意间在皇帝面前为甄嬛说情遭到斥责；太后眼见皇帝此举，由女及母，担心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。
甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投缘。甄嬛欲撮合流朱与王爷的侍从阿晋相好，流朱却不愿，只想好好照顾甄嬛。
浣碧在宫中备受冷落，皇上一见到浣碧就会想到甄嬛，也不愿见浣碧，浣碧自请禁足于碎玉轩，皇上也可有可无的同意了。
甘露寺众尼不容甄嬛等人，被众尼姑于病中赶出寺外。果郡王允礼获悉后带阿晋冒着大雪策马赶来相救，将甄嬛送到清凉台休息，甄嬛被彻底感动。温实初牵挂甄嬛，想尽办法前来照顾，却察觉出果郡王对甄嬛有意。
甄嬛病重，允礼舍身相救，自己却染了重病；甄嬛病情稳定后找到允礼，两人的情感刚有一丝靠近时，皇帝带着敬妃、女儿胧月突然来到清凉台探望允礼；甄嬛躲在屏风后看到女儿时百感交集，断然拒绝允礼的一切好意。浣碧殷勤照顾得病的果郡王，表露爱慕之意，甄嬛病好后立即离开果郡王住处。
皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置年氏同党，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母亲皇太后昔日的旧情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。
太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不忍昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已。
果郡王入宫侍疾，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称，深受触动，惶恐不安。
允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子；甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是位准葛尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。
皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园百骏园闲逛时，偶遇驯马女叶澜依，即刻被其桀骜不驯的独特气质所吸引，欲将其带回后宫。