经历了新岛风波（当然只有小智记得），小智继续在为石英联盟大会做着准备，例行的晨练结束后，小智他们吃着早餐，看着电视里播报的新闻。
“最新消息，近日世界知名神奇宝贝科学家大木雪城和青年科学家木户正辉联合发表了一篇名为《活着的化石》的论文，文章中详细描写了生活在古代的化石盔等数种神奇宝贝的生活习性和体态特征，这在神奇宝贝学界引起了巨大的轰动，传闻这些古代神奇宝贝目前真实存在，所属训练家仍是一个迷，后续报道本台会持续跟进...”主持人的声音从电视机里传来。
“果然，古代神奇宝贝的出现还是造成了不小的影响，不过这样以来他们就有机会出场比赛，不用天天宅在后山了，我的阵容也算是加强了不少。”小智看着电视，思考着联盟大会要不要它们上场。
就在小智发呆的时候，电视上的另一则新闻也引起了他的注意，“据本台报道，知名考古学家怀特博士带领的考古团队已于近日到达了关都地区的波多罗山，根据怀特博士介绍，此行目的在于研究发掘超古代神奇宝贝的文明遗迹，那么目前的发掘有什么进展呢，我们来连线采访一下怀特博士。怀特博士您好，可以跟我们介绍一下目前的发掘进度么？”主持人通过视频连线的方式采访着怀特博士。
“主持人好，观众朋友们大叫好，我身后的就是正在发掘的超古代神奇宝贝遗迹，目前的话，我们发现了一座写满古代文字的巨型石板，我们正在努力的翻译这些文字，相信我们的团队很快就会有所收获，目前的话还没有其它收获，谢谢。”一位年轻的女性在视频中简单介绍着考古现场的进度。
“好，感谢怀特博士的分享，希望您的发掘工作能够顺利，期待与您的下次连线。今天的报道已经全部结束，欢迎您下次继续收看，再见。”主持人随后中断了视频通话，结束了早间新闻的报道。
“波多罗山的古代遗迹，听起来很神秘的样子。”小霞对此似乎很感兴趣。
“波多罗山的话离真新镇不远，就在真心镇和米雅查山的附近，现在出发的话1个小时就能赶到。”小刚已经在翻看地图，研究路线了。
“好，就这么决定了！我们今天去波多罗山！”小智本就打算前去，这下省的自己多费口舌了。
就这样，一行人马不停蹄的赶往波多罗山，期待着能看到所谓的超古代遗迹。出发前，小智还特意去大木博士研究所带上了一直没有露面的闪电鸟，这让正辉和大木博士十分吃惊，不知道有什么地方可以用到神鸟，小智也无法解释，只是说冥冥之中预料到有什么事情发生。
离真新镇不远的波多罗上山，遗迹的废墟中，一群科考队员正在紧锣密鼓的探索着遗迹，似乎想在这些断壁残垣中发现一丝超古代神奇宝贝生活过的痕迹，小智一行人也在看过新闻报道后慕名而来。
“哇，这就是超古代遗迹啊，感觉好有历史感。”看着眼前破败不堪的遗迹，小霞不禁感叹。小智和小刚也随声附和着。
因为科考队都忙着探索遗迹，三人就这儿悄悄，那儿逛逛，像刘姥姥进了大观园，看什么都稀奇。但由于没有人简介，三人也看不出什么门道，不一会就顿感无趣，在一旁休息起来。
“小刚，来陪我训练吧，反正闲着也是闲着。”小智不想干等着浪费时间，便叫上小刚开始训练。
“上吧，皮卡丘，就决定是你了。”因为地形原因，小智选择了皮卡丘出战。
“去吧，六尾，出来活动一下。”小刚同样派出了体型较小的六尾出战。而小霞也没有闲着，在一旁当起了裁判。
“我就不客气了，皮卡丘，电光一闪。”小智率先发难，皮卡丘使出电光一闪，冲向六尾。
“六尾，喷射火焰，阻断皮卡丘的进攻路线。”小刚立刻反应，六尾凝聚力量使出喷射火焰，巨大的火线喷射而来，皮卡丘见状立刻改变路线，躲开六尾的攻击。
“进攻有时就是最好的防御，小智，这可是从你这儿学来的。”小刚眯着眼睛笑着说道。
“真不愧是前尼比道馆馆主，不过小刚你的饲育家等级越来越高了，六尾没怎么出战，技能等级竟然又有提升。”小智惊讶的发现，六尾的等级比之前高了很多。
“现在可不是闲聊的时候，比赛中一秒钟就可能决定胜负，六尾，高速星星。”小刚拿出道馆馆主的气势，想要给小智松弛的神经上上弦。
高速星星飞速发出，皮卡丘躲闪不及被正面集中，但还好没有收到致命伤害。小智也理解了小刚的良苦用心，专注于眼前的战斗。
“皮卡丘，提升速度，高速移动。”“皮卡！”皮卡丘回应一声，随机化作一道闪光，借着附近的岩石不断左右横移，提升着自己的速度。
“六尾，保持警惕。”小刚不清楚小智的下一步做法，只好采取防御态势。
“皮卡丘，再次使出电光一闪。”小智故伎重施，皮卡丘瞬间发动攻击，速度经人，小刚来不及反应，电光一闪成功命中六尾。
“继续进攻！十万伏特！”小智乘胜追击。“皮~卡~丘~！！！”皮卡丘的脸颊泛起电光，凝聚出一道道电光飞速射向六尾。
“六尾，使用火焰漩涡，阻隔攻击！”小刚再次使用大绝招进行防御，炽热的火焰和奔腾的电光碰撞在一起，产生了巨大的爆炸，爆炸扬起了大量的烟尘，使得附近的考古人员都有些抱怨的看着两人，这样小智和小刚有些不好意思，随即停止了训练。
“皮卡！皮卡皮！”就在这时，皮卡丘的声音突然传来，它拉了拉小智的裤脚，焦急的喊着。
“怎么了皮卡丘，难道我们伤到人了？”小智看到皮卡丘一边拉着自己，一边指向不远处的岩壁，疑惑的问道。
“皮卡！皮~卡~丘~！皮卡丘！”皮卡丘做出使用技能的姿势，随后指了指隔壁的岩壁，又奋力的挥舞前抓，努力画出一个长方形，似乎想告诉小智些什么。
“你是说刚才的十万伏特击中了岩壁，出现了一个石洞？！还是什么？”小智似乎领会到了皮卡丘的意思，随后跟着皮卡丘来到了刚刚爆炸的地点。烟雾散尽，果然一个巨型建筑出现在出现在了刚刚的岩壁上，好像是个古庙，顶端还有一口大钟。
“终于又有新发现了！”就在小智等人准备进去一探究竟的时候，身后突然传来兴奋的喊叫声。众人闻声一看，一个身穿考古服的女生冲了出来。
那个女生第一时间冲了过来，疯狂的挖掘着，刚刚爆炸产生的碎石不断的被扔出来，其他考古人员也拿着放大镜和刷子在附近不断的勘察着。
“小智，你看这是什么？”这时小霞在旁边的碎石堆里发现了一个两头尖尖的东西，看起来是个很有年代感的物件。
忽然，一双手突然从小霞手中抢过了那个东西，“就是这个没错了！！金色之眼！！终于发现你了！”女生不断的用放大镜观察着，嘴里激动的喊道，这人正是新闻报道中的怀特博士。
“团长！我们终于有发现了。”怀特博士兴冲冲的拿着东西奔向了自己的考察团队。
“那个，不好意思，我们先发现的，能不能让我看...”“太感谢你了，我叫做怀特，请多多指教，多亏了你，没想到能这么快就发现金色之眼。大家把营地转移到这里吧，要抓紧发掘呀！”没等小霞说完，怀特博士就激动的握起小霞的手，不断的感谢着，随后还吩咐着同事。
忙活了一阵，科考队终于有时间接待小智等人，来到考古队的帐篷里，怀特博士正兴冲冲的给他们介绍着发掘的物品，有一个神似可达鸭的土偶引起了大家的注意。北斗也给大家介绍着此次发掘的遗迹叫做波克莫尼亚文明，而这个土偶似乎是古代人崇拜的神。
“这个是可达鸭么？没想到古代人居然会崇拜可达鸭，超古代文明真的很奇妙。”小霞不可思议的说道。
“波克莫尼亚文明啊，我之前有在书上读到过，好像是突然发生了天灾异变，一夜之间就消失了。他们把神奇宝贝当成超自然的力量来崇拜，不过文明的遗迹一直没有被发现，没想到今天能够有幸见到。”小刚摸着下巴思索着。
“没错，小刚的学识很渊博，这么冷门的文明都知道。很不错。能够证明这个文明存在的，就只有在这座山上挖掘到的这些古董了。”怀特博士称赞道。
随后，怀特博士拿出一个勺子，跟刚才新发现物品一样材质。“我从大量的古籍和偶然发现的石板中发现了一些线索，所以带着考察队来到波多罗山，直到突然发现了这两个物品，波克莫尼亚文明的两个力量，似乎就跟这两个东西有关。”怀特博士严肃的分析着。说着，拿出了那个写满了波克莫尼亚文字的石板。
“这是波克莫尼亚文字啊，看起来好难的样子。”小霞看着晦涩难懂的字符，感叹到。一行人的注意力全都在石板上，丝毫没有注意到身后的两个刚刚发掘出来的物品发出了金色的闪光，只有皮卡丘意识到了什么，回头疑惑的看了一眼。
“皮卡丘，怎么了么？”小智注意到了异样，回头问道。“皮卡皮卡...”皮卡丘无法解释自己的发现，只能摇了摇头。只是小智没有打算提前引导剧情，就这样放任自流了。
“这块石板是我们考察队无意间发现的，经过细致的研究，我们终于破译了这部分石板的内容。”另一边的怀特博士还在细致的讲解着自己的发现，小霞他们也十分期待的看着怀特。
“毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑天空；金色的眼眸，扰乱气脉；把世界一分为二的争端，
人们束手无策。异界之门在天空打开，此时出现了平息一切的力量，化成圆球回到地下。”怀特博士低沉的声音诵读出这块石板上的文字，小霞和小刚似懂非懂的体会着这段话的意思，也只有小智才能理解这段话的含义，看着不远处的大钟发呆。
可是这一看不要紧，小智发现本该完整的那口大钟竟然从中间出现一道裂缝，直接将钟一分为二，这下可吓坏了小智，这口钟可是解决剧情的关键道具，现在却已经被毁，之后的发展显然已经脱离了小智的预料，看来之前的决定是对的，如果超古代神奇宝贝出现，能够抵抗他们的只有自己手中的神鸟了。
就这样，小智劝说小霞二人在营地露宿，待第二天再返回真新镇。事实上，小智是想在事情发生前阻止事态的进一步发展。这天夜里，小霞和小刚已经安然入睡，小智则辗转反侧不能入眠，始终在惦记着如何解决这件事。
突然，营地外传来了一声呼喊，“救命啊！有怪物啊！”一阵熟悉的声音传来，听起来是火箭队的声音。整个营地瞬间被惊醒，许多考古队的工作人员纷纷爬起，想看看到底发生了什么。
只见火箭队三人飞速朝着营地奔来，表情十分恐惧，像是看到了什么可怕的东西。小智也第一时间冲出帐篷，看到了他们。
“小...小鬼头，虽...虽然平时我们是...是对手，但...但是你，你，你...可不能见...见死不救，有怪物啊！”武藏看到熟悉的小智等人，瞬间躲在小智身后，颤抖的身体让她连说话都结结巴巴的，一旁的小次郎和喵喵也好不到那里去。
“武藏，你们到底又闯了什么祸！”小霞倒是很了解火箭队，上来就追问道。随后，武藏平复了心情，缓缓解释了自己的经历。原来火箭队们听说这里有遗迹，就像过来挖宝，可是武藏的阿伯怪却带回了一个类似哑铃的黑色物体，这个东西发出一阵红光，将武藏的阿伯怪吸了进去，火箭队三人见状，直接逃了出来。
众人了解到这点，正准备讨论怎么逃离这里，可那些考古队的队员好像职业病犯了一样，争抢着要去事发地一探究竟，结果...随着一阵阵红光闪过，所有考古队员都被神秘物体吸了进去。只剩火箭队、小智等人和怀特博士留在了营地。而那个神秘物体也显现出外形，竟是一个身上布满了神秘花纹的巨大耿鬼。
“这个是？耿鬼？！那些花纹是什么？”怀特博士惊讶的看着眼前巨大的神奇宝贝，有点搞不清楚状况。这只巨大的耿鬼并没有攻击剩下的人，而是大吼一声，身体里的暗黑能量冲向天空，刚刚还晴朗的天空瞬间暗无天日。
“大家小心，离这家伙远一点，我刚注意到接触到它身体的人都被吸收了，大家拉开距离。”知晓剧情的小智提出自己的建议。但是耿鬼似乎并没有把他们放在眼里，径直朝着真新镇的方向走去。
“那个方向是？可恶，现在恐怕不能袖手旁观了。”说罢，小智朝着巨大耿鬼冲了过去。
“小智！”“小智！”小霞和小刚担心的喊着小智的名字，但小智坚定的跑去，因为他是真新镇的训练家，要尽自己的努力阻止真新镇被破坏。